Το Οικουμενικό Πατριαρχείο, πρώτο τη τάξει μεταξύ των Ορθόδοξων Πατριαρχείων, ιδρύθηκε το 331, όταν δηλαδή ο Κωνσταντίνος μετέφερε την πρωτεύουσα της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας από τη Ρώμη στην περιοχή του Βυζαντίου, στην πόλη που έχτισε ο ίδιος, την Κωνσταντινούπολη (Νέα Ρώμη). Με την άλωση της Κωνσταντινούπολης το Οικουμενικό Πατριαρχείο απέκτησε και πολιτική δύναμη, καθώς αναγνωρίστηκε ως πολιτικός εκπρόσωπος των χριστιανών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στην Υψηλή Πύλη. Ο Πατριάρχης υπερασπιζόταν τα δικαιώματα των χριστιανών στην Υψηλή Πύλη, αλλά και η Υψηλή Πύλη μπορούσε να ελέγχει τους χριστιανούς πιέζονταν τον Πατριάρχη.
Η σημερινή τοποθεσία του Πατριαρχείου οριστικοποιήθηκε τον 17ο αιώνα, καθώς μέχρι τότε άλλαζε συχνά μέρη. Το 1738 πυρπολήθηκε και λεηλατήθηκε χωρίς έλεος, πραγματοποιώντας μία από τις μεγαλύτερες αρπαγές θρησκευτικών κειμηλίων. Το 1797 ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄ έδωσε την χαρακτηριστική όψη στο Πατριαρχείο και εκεί στην κεντρική πύλη του έμελε να απαγχονιστεί στις 10 Απριλίου 1821 και η πύλη να παραμένει κλειστή μέχρι σήμερα, ως ένδειξη πένθους. 100 χρόνια μετά, το 1941, άλλη μία μεγάλη πυρκαγιά κατέστρεψε όλα τα ξύλινα κτήρια και το Πατριαρχείο περιορίστηκε αρκετά. Μέχρι το 1985 η Τουρκία δεν έδινε άδεια ανοικοδόμησης, αλλά η χορηγία του Παναγιώτη Αγγελόπουλου την χρονιά εκείνη έδωσε τη δυνατότητα στον Οικουμενικό Πατριάρχη Δημήτριο να ξανά κτίσει το Πατριαρχείο και να αποκτήσει πάλι τη μοναστική του φυσιογνωμία.